O que se sabe é que Martinho da Silva Prado (nasceu em 1811 e faleceu em 1891) desbravou muita mata virgem para dar origem a Fazenda Santa Veridiana, e que em 1866, foi a primeira a Oeste de Mogi Guaçu a dedicar-se ao cultivo de café. As terras da fazenda hoje é o distrito que leva seu nome. Além de cafeicultor, foi um dos fundadores da Cia Paulista de estrada da Sorocabana em 1871, da Cia Mogiana em 1872 e da estrada de Ferro Ituana também em 1872. Seu Martinho, como era conhecido, teve a ajuda dos filhos Antonio da Silva Prado ou Conselheiro Prado (1840 a 1929) e Martinho da Silva Prado Júnior (1943 a 1906). Juntos, os irmãos se tornaram por algum tempo um dos maiores produtores de café do mundo. Martinico Prado, como era conhecido, foi um importante produtor de café no Estado de São Paulo. Além de fazendeiro, ele foi também deputado estadual, ministro, senador e prefeito da Capital Paulista.
Em 1869, Martinico Prado precisou atuar em duas frentes como político republicano e proprietários de terra e se mudou para uma das fazendas de seu pai na região de Araras e Mogi Mirim para auxiliar na administração. O bom desempenho agrícola de suas propriedades foi importante para o desenvolvimento da região.
Entretanto, no início do século XX a área onde se localiza o Distrito de Martinho Prado Júnior ainda era pouco povoada e abrigava uma grande área de mata nativa.
Em 1900, o Governo do Estado de São Paulo adquiriu uma área desmembrando parte da Fazenda Santa Veridiana que hoje é conhecida como Estação Experimental (atualmente Campininha) que abriga uma estação ecológica. A atividade principal consiste na pesquisa e cultivo de pinos e outras espécies de árvores nativas. Na década de 50 e 60 existia apenas um caminho (servidão) que servia de acesso para outras cidades como Leme, Conchal, Araras e outras adjacentes.
Com o passar dos anos, os fazendeiros e sitiantes foram adquirindo pequenas moradias e aos poucos o local se tornou um pequeno vilarejo. Com a lei municipal nº 648 04/09/1969, o local que antes era denominado núcleo colonial de Martinho Prado se restringia a área rural. Foi demarcado e passou a fazer parte do perímetro urbano. Mas apenas em 23/12/1981, a partir da lei estadual nº 3198, que foi criado o Distrito de Martinho Prado Júnior e anexado ao município de Mogi Guaçu.
O Distrito fica localizado a 20 km de Mogi Guaçu e a citricultura é a principal atividade da região seguida da agropecuária.